على الرغم من وجود أنواع مختلفة من التقشير الكيميائي فإنه يتم بالطريقة نفسها باختلاف نوع الحمض المقشر، ومدة وضعه على الجلد، وعادةً ما يتم إجرائه في العيادات الخارجية أو في مركز جراحي حسب نوع التقشير، ويتم بالخطوات التالية:

• تنظف الأخصائية البشرة جيدًا ويغطي العينين بشاش أو شريط لاصق أو نظارات واقية، ثم يضع واحدًا أو أكثر من الأحماض المقشرة على المناطق السميكة من الجلد أولًا، مثل الذقن والأنف والخدين، ثم على المناطق الرقيقة حول العينين والفم.
• يترك الطبيب الحمض على البشرة لبضع دقائق، قد يشعر المريض معها أن البشرة مشدودة لبضع ساعات في حالة التقشير السطحي، وقد يشعر بحرقة أو لسع في حالة التقشير المتوسط وقد يحتاج إلى مسكن أو مهدئ في أثناء الإجراء.
• أما في حالة التقشير العميق، فقد يحتاج المريض لمخدر موضعي في البداية على الجلد، ثم يحصل على مهدئ عبر الوريد، قبل وضع المحلول على الوجه، ويتركه الطبيب لمدة 30 دقيقة أو أكثر، ويضع الطبيب المحلول على أجزاء من البشرة بالتتابع (ينهي منطقة ثم يبدأ في منطقة أخرى) ويستغرق الأمر 90 دقيقة تقريبًا لإنهاء الوجه بأكمله، ويقوم الطبيب بمراقبة ضربات القلب وضغط الدم في أثناء التقشير العميق لأن المادة الكيميائية المستخدمة (الفينول) يمكن أن تؤثر في القلب، وسيشعر المريض بحرقة في البشرة مع احمرار قد يستمر لمدة ثلاثة أشهر، مع تورم وشعور بعدم الراحة لعدة أيام إلى أسبوعين.
• بعد التقشير الكيميائي يستخدم الطبيب محلولًا معادلًا (محلول ملحي بارد) لإزالة أي مقشر متبقي، ويصف علاجات موضعية مختلفة لمساعدة الجلد على الشفاء، مثل محلول الخل المخفف، أو استخدام مرطب طبي لبضعة أيام بعد الإجراء، ومن المهم إبقاء الوجه جافًا وعدم الاستحمام أو استخدام غسول الوجه خلال الـ 24 ساعة الأولى.